因智慧財產權保護有屬地性，臺商應先在中國大陸依其商標法(主管機關為商標局、地方工商局)、專利法(主管機關為國家知識產權局、地方知識產權局)、著作權法(主管機關為國家版權局、地方版權局)等相關法規，申請註冊取得商標權及專利權等後，始能有效主張權利；亦得善用援引中國大陸有關市場秩序管理及保護消費者權益事項之反不正當競爭法、產品質量法、消費者權益保護法等相關法令的規定來保護臺商的智慧財產權益。
發生智慧財產權侵害或商標仿冒案件時，除循司法救濟途徑提出告訴外，得透過行政查處程序維權，較為簡便快速且能有效遏止他人的侵權行為。例如臺商面對其商標、商號名稱、知名商品特有的名稱、包裝、裝潢被他人仿冒，或有關商業秘密被他人侵犯時，可備齊相關侵權事證，循行政查處程序，請求各地工商行政管理局處理；至於涉及專利權或著作權侵權問題，得請地方知識產權局或版權局處理；也可利用12330智慧財產權保護專線投訴。
為協助臺商在中國大陸維護智慧財產權，2010年間兩岸簽訂「海峽兩岸智慧財產權保護合作協議」，建置兩岸智慧財產權協處機制，臺商在申請註冊商標、取得專利權或著作權等維權過程中，如有遭受不合理或不公平對待，或違反中國大陸相關法令，或有維權上困難而須協助時，得與經濟部智慧財產局協處窗口(商標：洽詢電話02-23767611，電子信箱woo347@tipo.gov.tw，洽詢電話02-23767055，電子信箱：a40047@tipo.gov.tw；著作權：洽詢電話02-23767144，電子信箱ling00669@tipo.gov.tw；專利：洽詢電話02-23767788，電子信箱wallace20579@tipo.gov.tw)聯繫，以利提供協助或相關法律諮詢服務。（經濟部智慧財產局協處窗口資料取材至經濟部智慧財產局官網。）