臺商在中國大陸發生任何經貿糾紛，包括投資人間的私權糾紛或是投資人與投資所在地一方的投資爭端都可以向海基會尋求協助或投訴。海基會為加強服務臺商，自2005年8月30日起設立「臺商服務中心」(服務專線886-2-25337995)，提供臺商面談諮詢及案件協處服務。
此外，兩岸投保協議於2013年2月1日生效後，就投資人與投資所在地一方的投資爭端，提供協商、協調、協處、調解及行政救濟或司法程序等多元化的爭端解決機制，並由雙方業務主管部門(我國經濟部投資業務處及中國大陸國臺辦投訴協調局)依據協議協助處理相關事宜，透過協議的聯繫平臺及相關協處機制的建立，有效落實協議的執行，以提供臺商投資權益制度化的保障。臺商如有投資人對政府(P-G)的投資爭端，可向經濟部投資業務處(臺商聯合服務中心，電話：886-2-23832169)反映，透過協議建立的機制來協處。
經濟部臺商聯合服務中心受理臺商投訴的案件，除委請法律顧問提供法律分析及諮詢服務外，也會針對案情與臺商討論解決方案，如符合P-G協處條件，再將臺商訴求送請陸方窗口國臺辦投訴協調局協處。陸方在接獲我方協處要求後，會依其行政體制積極協調各地臺辦系統或相關主管部門儘速處理。雙方業務主管部門依協議需定期召開行政協處機制工作會議，針對協處案件進行檢討，以強化投保協議在各個面向的落實，確保臺商的權益。
然而，中國大陸的投資環境與司法制度更迭快速，海基會呼籲臺灣的企業赴陸投資前，務必審慎評估投資風險，多接觸瞭解當地的相關法令制度，慎選合作對象，避免誤入陷阱及誤觸違法事件，多參與當地臺商協會等組織，多與海基會聯繫，結合群體力量，共同爭取及維護臺商應有權益。