海基會受政府委託辦理兩岸文書驗證業務，與大陸海協會簽署「兩岸公證書使用查證協議」，並於民國82年5月29日生效實施。雙方同意相互寄送公證書副本以供核驗，自此建立兩岸文書制度化驗證機制。