臺商遇有經貿糾紛，除透過海基會洽請中國大陸海協會協處外，在中國大陸也可透過當地臺商協會、當地臺辦臺商投訴協調中心協處，亦可循司法途徑申請仲裁，或是向「人民法院」提起訴訟。只不過，一般臺商會比較擔心中國大陸「人治」色彩濃厚，地方保護情況嚴重導致法院判決不公；而選擇仲裁途徑解決紛爭，一方面可選擇投資地以外的仲裁機構，另一方面也可選任臺籍仲裁員來避免地方保護主義的問題。
民國102年2月1日兩會簽署的「海峽兩岸投資保障和促進協議」生效後，經當事人雙方同意，可選擇兩岸的仲裁機構及雙方同意的仲裁地點(包括在兩岸以外的第三地，或選擇臺灣的仲裁機構在中國大陸進行仲裁)來進行仲裁。惟申請仲裁須有雙方書面之仲裁協議始可受理。
所謂仲裁協議係指在爭議發生前，雙方在合同中明定仲裁條款，或是在爭議發生後，雙方達成將爭議提交共同約定的仲裁機構仲裁之書面協議。
當然，在申請仲裁前，亦可先透過仲裁機構附屬之調解中心試行調解，如調解不成立，再申請仲裁；或是在仲裁進行中，經雙方同意，亦可由仲裁庭進行調解。
有關仲裁申請手續、仲裁費用、仲裁人名冊、仲裁規則、合同中約定仲裁條款之範例以及兩岸仲裁機構的聯繫方式等等，請至「中國國際經濟貿易仲裁委員會」(電話：010-82217788；網址：http://www.cietac.org)及「中華仲裁協會」(電話：886-2-27078672；網址：http://www.arbitration.org.tw/)等網站查詢。