海基會「臺商服務中心」可以為臺商提供服務項目為「安全急難救助」、「經貿糾紛協處」、「經營專業諮詢」、「臺商聯繫服務」等，分述如下：
（一）臺商安全急難救助
　　臺商在大陸發生旅行急難事件或人身安全受到威脅等情事時有所聞，然而現階段臺商在大陸人身安全卻未能獲得完整的保護，所以海基會臺商服務中心在臺商發生急難事件時，將以專人、即時、現地、便捷的方式，提供：個案救助、緊急救援、協調兩岸相關機關與當地臺商協會提供即時服務、協助家屬趕辦入出境文（證）件及善後事宜，派員訪視並視需要協助辦理通關或向家屬致意，同時，定期追蹤處理受理案件，以期完善提供相關服務。
（二）經貿糾紛協處
　　兩岸投資貿易日趨密切，兩岸投資貿易的糾紛型態更形複雜，專業諮詢與調解服務將是臺商服務中心的兩大重點方向；為此特別遴選網羅各財經、法律專業人士與實務專家，組成財經法律顧問團，協助處理兩岸經貿糾紛案件，進行必要的實地調查或協助、協調兩岸有關單位會同處理，並特別於每月規劃舉辦臺商諮詢日活動，提供臺商有關大陸訴訟制度及兩岸財經法律資訊等諮詢服務，以協助臺商做出最正確適當的經營決策。
　　此外，臺商服務中心受理經貿糾紛陳情案件時，將提供當事人案件分析、專業建議與可行方案以及協調兩岸相關單位提供進一步的協調處理，以保障臺商投資經營權益。
（三）經營專業諮詢
　　面對國際的激烈競爭，強化臺商經營優勢及協助台商產業技術升級是臺商服務中心重要的工作。針對大陸投資經營環境情勢變化、兩岸經貿相關政策、法規及實務運作等議題，臺商服務中心安排兩岸經貿講座及相關座談活動，提供臺商資訊諮詢服務；同時，臺商服務中心延聘法律、財經、會計等專業人士，強化諮詢服務的深度與廣度；並且在兩岸發生重大經濟事件或爆發相關疫情時，臺商服務中心亦將在第一時間即時發送相關訊息或因應建議，提醒臺商應變管理。
（四）臺商聯繫服務
　　臺商服務中心將在既有的基礎上，辦理相關座談、研討會、臺商聯誼活動，強化臺商與政府間的聯繫溝通，促進兩岸經貿專業人士交流，協助臺商解決投資經營的問題，並出版相關經貿叢書，提供臺商參考，同時關懷臺商在大陸生活的現況，例如：子女教育、入出境、醫療、疫情等資訊的提供與諮詢服務，此外臺商服務中心設立臺商意見信箱，以多元化管道蒐集、協處臺商意見，並向政府相關機關反映，協助推動政府各項臺商服務工作。