例如張君在臺灣有戶籍，2019年1月1日起2025年12月31日止被臺灣甲公司派往深圳工作，每年返臺探親、開會計5次，每次7天，如2025年在中國大陸居留滿183天。依我國所得稅法，張君在臺灣有戶籍且每年居留35天，故2019年至2025年為有住所居住者。張君2019年至2025年每年在中國大陸累計居住天數都滿183天，（一）若2019年至2024年無任何一年單次離境超過30天，則張君2019年至2024年為非長期居民，2025年為長期居民；（二）如張君2019年至2024年其間有一年單次離境超過30天，則張君2019年至2025年皆為非長期居民。因此張君2019年至2025年為兩岸雙重居住者納稅人。
又例如，上海居民王君（中國大陸公民）被上海甲公司派駐臺中分公司兩年（2021年1月1日至2022年12月31日），每年返上海探親、開會計5次，每次7天；王君在臺工作這兩年期間，依中國大陸個人所得稅法規定，其習慣性居住在中國大陸，屬有住所居民納稅人；而王君在臺無住所（因無戶籍），但2021、2022年每年皆居留滿183天，依我國所得稅法規定，屬無住所居住者。因此王君2021、2022年為兩岸雙重居住者納稅人。

二、 雙重來源地跨境重複課稅問題
個人從事兩岸跨境交易活動產生的某項所得，分別被兩岸所得稅法認定屬來源於境內所得，形成「雙重來源地」的現象；因所得來源地認定標準有些與居住者有關聯，當雙重居住者形成，可能會引發雙重來源地；當跨境交易產生「雙重來源地」所得，兩岸所得稅法皆按境內所得課稅。
例如前述王君在臺工作服務期間為文於上海報紙連載，上海報社支付稿費匯入其大陸上海的銀行帳戶，該筆稿費收入之所得類別及來源地認定標準，我國所得稅法屬執行業務所得，以勞務提供地為來源地，該筆稿費因勞務提供地在我國，為臺灣所得；而中國大陸個人所得稅法屬稿酬所得，以支付或負擔者所在地為來源地，該筆稿費因支付或負擔者在中國大陸，為中國大陸所得；故王君該筆稿費收入發生「雙重來源地」。

三、 居民租稅管轄權與來源地租稅管轄權衝突之跨境重複課稅問題
兩岸所得稅制對稅法認定居住者個人，以居住者為課稅範圍，對其境內、外所得皆課稅，而對於非居住者個人，以地域為限僅就來源於境內所得課稅；當兩岸居住者個人從事跨境交易，產生跨境所得，並未構對方稅法認定之居住者時，該筆跨境所得之來源地方，以來源地租稅管轄權對筆所得課稅，而所得人之居住方，以居民租稅管轄權對筆所得課稅，從而形成居民租稅管轄權與來源地租稅管轄權衝突之跨境重複課稅。
例如許君2023年為我國有住所居住者，中國大陸非居民，2023年其上海房屋出租收取租金收入，該筆房屋租金收入所得來源地認定標準，我國所得稅法以不動產所在地，中國大陸個人所得稅法以出租財產所在地，因出租房屋在上海，我國所得稅法認定為大陸地區所得，中國大陸個人所得稅法認定為中國大陸境內所得；中國大陸個人所得稅法對於非居民許君源自中國大陸租所得課稅，我國得稅法對於有住所居住者許君之中國大陸所得要課徵綜合所得稅，產生居民租稅管轄權與來源地租稅管轄權衝突現象。

兩岸跨境交易個人所得稅問題之處理

跨境重複課稅稅務問題處理，單邊以本國稅法消除重複課稅機制解決，而雙重居住者及雙重來源地之稅務問題，無法以單邊本國稅法解決，必須以雙邊租稅協定來消除或減緩。
一、 居民租稅管轄權與來源地租稅管轄權衝突
兩岸跨境重複課稅問題之處理，目前主要依我國個人所得稅制、兩岸人民關係條例第24條、中國大陸個人所得稅消除重複課稅機制–扣抵法，當居住者個人於所得稅結算申報時，境外所得併入結算申報計算應納稅額，境外所得於來源國已繳納稅額，在扣抵限額內可以扣抵本國應納稅額，以消除重複課稅但超過扣抵限額者，我國不准扣抵，中國大陸個人所得稅法規定，可在往後5個年度內有不足限額，於不足限額內補抵；假設前述許君2022年源自中國大陸租賃所得50,000元，已繳中國大陸個人所得稅10,000元，許君結算申報綜所稅，2022年含中國大陸租賃所得綜所稅應納稅額150,000元，不含中國大陸租賃所得應納稅額142,000元，中國大陸稅額扣抵限額=150,000-142,000=8,000元，可抵中國大陸稅額=Min(8,000、10,000)=8,000元。超限額=10,000-8,000=2,000元，不可扣抵。

二、 雙重居住者
兩岸雙重居住者個人之於兩岸間承擔納稅義務及範圍，詳見前述表一所示，當跨境所得發生重複課稅時，境外所得於境外已納稅額，如要以前述扣抵法來消除或減緩重複課稅，該境外所得須經本國所得來源地認定標準，認定之境外所得於其來源地已繳納稅額，方可扣抵本國應納稅額，如經判斷非屬境外所得，而係本國所得雖已繳納境外所得稅，仍不能自本國應納稅額中扣抵。
兩岸雙重居住者個人結算申報我國綜所稅及基本所得額時，其大陸所得已繳納的大陸個人所得稅，海外所得已繳納的海外個人所得稅，可適用前述扣抵法來消除或減緩重複課稅，但臺灣所得、海外所得於大陸繳納的大陸個人所得稅，則不得扣抵。同樣的該雙重居住個人於大陸匯算清繳（結算申報）個人所得稅時，境外所得已繳納的境外個人所得稅，可適用扣抵法，而大陸所得、海外所得於我國繳納所得稅，則不得扣抵。故雙重居住者重複課稅現象，無法以本國稅法徹底有效解決。
雙重居住者重複課稅要徹底有效解決，惟有依租稅協定破除僵局原則，劃歸一方為居住者，另一方為非居住者，再依循前述方式解決，但兩岸租稅協議尚未生效實施，此部分雙居住者重複課稅現象，目前無法消除或減緩。

三、 雙重來源地
當個人從事兩岸跨境交易活動，發生雙重來源地重複課稅時，除雙重來源地之薪資所得符合來源地所得稅法「90天規則」免稅外，其他雙重來源地之跨境所得，依兩岸各自所得稅制都認定屬境內所得，其於境外繳納個人所得稅，無法適用前述扣抵法來消除或減緩重複課稅；惟有兩岸租稅協議生效實施後，雙重居住者引發之雙重來源地，經租稅協定破除僵局原則，劃歸一方為居住者，另一方為非居住者，則雙重來源地隨之解決。而純粹因來源地認定標準不同之雙重來源地，如租稅協定條文中有規範者可依協定解決，無規範可經由雙方締約國協商解決。