環境部資源循環署表示，考量本管理辦法規範之涉外文件多屬國外主管機關或政府同意文件等公文書，實務仰賴紙本為公（認）、驗證並據以查核其真實性，尚難以其他替代驗證方式為之，且我國與日本間之有害廢棄物越境轉移雙邊協定，亦明文要求應以紙本方式辦理，實務上仍有維持紙本運作需求。故配合「電子簽章法」第11條第1項規定，增訂本管理辦法第25條之1，明定應以紙本方式為之，並排除電子文件及電子簽章之適用，以利事業廢棄物輸出入許可申請實務運作。

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